在你搞清楚哪个文件之前先搞清楚概念。
CPU的频率通常不是在内核启动时而是在更早的bootloader阶段设定的。如果你有bootloader的源代码的话,对照CPU的用户手册去查找操作MPLLCON寄存器的地方应该会看到相应的设定。
另外,2.6.32内核包含了S3C2440的cpufreq (arch/arm/plat-s3c24xx/cpu-freq.c)的支持,也就是说,你可以在系统启动后通过/sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/下面的节点文件动态设定CPU运行的频率。这是相比于修改bootloader更简单也更安全的办法。